Isoflurano potencializa os efeitos de relaxantes musculares comumente utilizados, mais notadamente dos relaxantes musculares não-despolarizantes, a CAM (Concentração Alveolar Mínima) é reduzida com uso concomitante com N2O. A neostigmina reverte os efeitos dos relaxantes musculares não-despolarizantes, mas não apresenta qualquer efeito sobre as propriedades relaxantes do isoflurano. Todos os relaxantes musculares são compatíveis com o uso de isoflurano.