A absorção de alguns fármacos pode ser alterada devido à diminuição da acidez intragástrica. Portanto, pode-se prever que durante o tratamento com omeprazol a absorção de cetoconazol e itraconazol irá diminuir, assim como durante o tratamento com outros inibidores da secreção ácida ou com antiácidos.
Não foi encontrada interação com a administração concomitante de antiácidos ou alimentos.
Como o omeprazol é metabolizado pelo fígado através do citocromo P450, pode prolongar a eliminação do diazepam, varfarina e fenitoína, os quais são substratos desta enzima.
Os doentes sob tratamento com varfarina ou fenitoína devem ser monitorados, podendo ser necessária uma redução na dose destas drogas. Entretanto, em pacientes sob tratamento contínuo com fenitoína, o tratamento concomitante com omeprazol via oral na dosagem de 20 mg/dia não alterou a concentração sangüínea de fenitoína. Da mesma forma, pacientes em tratamento contínuo com varfarina concomitantemente com 20 mg/dia de omeprazol por via oral não apresentaram alterações no tempo de coagulação.
Estudos de interação medicamentosa com o omeprazol com outras drogas indicam que 20 - 40 mg de omeprazol, administrados por via oral repetidamente, não tem influência sobre outros fármacos como cafeína, fenacetina, teofilina, piroxicam, diclofenaco, naproxeno, metoprolol, propranolol, etanol, ciclosporina, lidocaína, quinidina, estradiol, eritromicina e budesonida.
Durante tratamento concomitante de omeprazol com claritromicina ocorre aumento nas concentrações plasmáticas de ambas as substâncias, mas não há interação com metronidazol ou amoxicilina. Estes antimicrobianos são usados junto com o omeprazol no tratamento de erradicação do Helicobacter pylori.