Durante o tratamento com bezafibrato, algumas reações adversas podem ocorrer, tais como: perda de apetite, plenitude gástrica e náuseas.
Estes efeitos geralmente são transitórios e não requerem a suspensão do tratamento. Cefaleia, tontura, urticária, prurido, dores musculares (tipo miosite), em casos extremos rabdomiólise, debilidade na musculatura das extremidades com e sem elevação simultânea da CPK foram esporadicamente relatados; em casos raros, foram observados distúrbios da potência, alopecia e aumento dos níveis de transaminases. Em pacientes portadores de insuficiência renal, pode ocorrer um aumento dos níveis de creatinina, porém sem sinais clínicos. Se as recomendações posológicas não forem seguidas, poderá haver desenvolvimento de miotoxicidade.
Observou-se em casos isolados uma leve diminuição dos níveis de hemoglobina, leucócitos e de plaquetas, os quais voltam ao normal quando o tratamento é interrompido. Durante tratamentos prolongados, mudanças no índice litogênico foram observadas em vários estudos. Em um estudo observou-se aumento de 20% do índice, enquanto que em outros estudos, porém, o aumento foi significante. No decorrer de vários anos de uso de bezafibrato, em milhares de pacientes, foram registrados casos isolados de desenvolvimento de cálculos biliares. Não foi possível, porém, estabelecer uma relação definitiva entre o uso de bezafibrato e a formação de cálculos biliares, uma vez que a hiperlipidemia por si mesma leva à uma maior incidência destes cálculos.