As reações adversas associadas à aplicação intranasal de budesonida em pacientes com rinite, alérgica ou não, mais frequentemente comunicadas são: disfonia (5 a 50% com o uso de corticoides em geral), irritação cutânea transitória ao redor do nariz, faringite, aumento da tosse, epistaxe, boca seca, náusea, dispepsia, disgeusia (maiores que 1%). Pode ocorrer dermatite perinasal. Também foram relatados: nervosismo, dispneia, monilíase, sibilos, hiposmia e dor local (menor que 1%).
O uso de corticóides intraoculares pode ocasionar aumento da pressão intraocular em aproximadamente 30% dos pacientes. Não foi feita associação direta do uso intranasal do corticóide com aumento da pressão intraocular ou glaucoma. A incidência de catarata em pacientes menores de 70 anos utilizando a budesonida intranasal é similar aos indivíduos não usuários da medicação.