Em geral, clofazimina tem boa tolerabilidade quando administrado em doses não maiores que 100 mg diárias. As reações adversas mais consistentes são geralmente relacionadas à dose e são usualmente reversíveis quando clofazimina é descontinuado. Reações adversas que ocorrem em mais de 1% dos pacientes: Pele: Pigmentação de rosa a marrom escuro em 75-100% dos pacientes no decorrer de algumas semanas de tratamento; ictiose e ressecamento (8-28%); rash e prurido (1-5%). Gastrointestinais: Dor abdominal e epigástrica, diarréia, náusea, vômito, intolerância gastrointestinal (40-50%). Oculares: Pigmentação da córnea e conjuntiva devido aos depósitos de cristais de clofazimina, ressecamento; queimação; coceira; irritação. Outros: Alteração na coloração da urina, fezes, saliva, suor; açúcar do sangue elevado; velocidade de hemossedimentação (VHS) elevada. Reações adversas que ocorrem em menos de 1% dos pacientes Pele: fotossensibilidade, eritroderma, erupções acneiformes queilose monilial. Gastrointestinais: obstrução intestinal (vide advertências), sangramento gastrointestinal (vide advertências), anorexia, constipação, perda de peso, hepatite, icterícia, enterite eosinofílica, fígado aumentado. Oculares: Visão diminuída. Sistema nervoso: Vertigem, sonolência, fadiga, cefaléia, tontura, neuralgia, alteração do paladar. Psiquiátricas: Depressão secundária à descoloração da pele; foram registrados dois suicídios. Provas laboratoriais: níveis elevados de albumina, bilirrubina sérica, e AST (SGOT); eosinofilia; hipopotassemia. Outros: Infarto esplênico (vide advertências), tromboembolismo, anemia, cistite, dor óssea, edema, febre, linfadenopatia, dor vascular.