O FLUCAZOL é geralmente bem tolerado. As reações adversas mais comumente encontradas tem sido náusea, dor abdominal, diarréia, flatulência e erupção cutânea. Foram observadas alterações nos resultados dos testes das funções hematológicas, renal e anormalidades hepáticas durante o tratamento com fluconazol e agentes comparativos, em alguns pacientes com enfermidades graves, como AIDS e câncer. Entretanto, o significado clínico e a relação ao tratamento são incertos. Pacientes aidéticos são mais predispostos a desenvolver reações cutâneas graves a diversas drogas. Um pequeno número de pacientes com AIDS desenvolveu tais reações ao receber fluconazol concomitante com outros agentes conhecidos por sua relação com esfoliação cutânea grave. Caso ocorra erupção cutânea, em pacientes com infecções fúngicas superficiais ou sistêmicas/invasivas, que seja atribuível ao fluconazol, a terapia com o mesmo deve ser descontinuada e o paciente cuidadosa-mente monitorizado.
Raramente foi observada anafilaxia.