Os fenotiazínicos são contra-indicados em pacientes com suspeita ou danos subcorticais, em pacientes recebendo altas doses de hipnóticos, em estados comatosos ou depressivos severos.
O Cloridrato de Flufenazina não deve ser utilizado em pacientes com discrasia sanguínea ou danos no fígado. Está contra-indicado em pacientes que mostrem hipersensibilidade à flufenazina sendo que pode aparecer sensibilidade cruzada aos derivados fenotiazínicos, ou aos componentes da fórmula.
É contra-indicado em pacientes com Mal de Parkinson.