A ação do omeprazol é explicada pela inibição da enzima localizada na célula parietal do estômago responsável por uma das etapas finais no mecanismo de produção de ácido no estômago. Desta forma, a ação seletiva do omeprazol promove uma diminuição da acidez tanto pela redução da secreção ácida basal como da estimulada pela pentagastrina. Quando o pratiprazol é administrado em dose única diariamente, por via oral, a secreção ácida gástrica é rapidamente inibida.