Bonefós (clodronato dissódico) é contra-indicado para pacientes que apresentem hipersensibilidade ao clodronato dissódico ou aos demais componentes do produto, em insuficiência renal (vide Precauções), inflamações agudas do trato gastrointestinal e no tratamento concomitante com outros bifosfonatos. Bonefós (clodronato dissódico) é contra-indicado durante os períodos de gestação e lactação.