A tabela abaixo relaciona efeitos indesejáveis possivelmente relacionados a Implanon, relatados nos estudos clínicos. A associação não foi confirmada nem refutada.
| Sistema | Reações Adversas na terminologia MedDRA1 | ||
| Muito comum> 1/10 | Comum< 1/10, ³ 1/100 | Incomum< 1/100, ³ 1/1000 | |
| Distúrbios de pele e tecidos subcutâneos | acne | alopécia | hiperticose, rash e prurido |
| Infecções e infestações | Infecção vaginal | faringite, rinite, infeção do trato urinário | |
| Distúrbios do sistema imunológico | hipersensibilidade | ||
| Distúrbios do sistema nervoso | cefaléia | vertigem | Enxaqueca e sonolência |
| Distúrbios vasculares | fogachos | ||
| Distúrbios psiquiáticos | labilidade emocional, humor depressivo, nervosismo, redução da libido | ansiedade, insônia | |
| Distúrbios gastrintestinais | Dor abdominal, náusea, flatulência | vômito, constipação, diarreia | |
| Distúrbios nutricionais e do metabolismo | Diminuição de apetite | ||
| Distúrbios renais e urinários | disúria | ||
| Distúrbios do sistema reprodutivo e das mamas | dor mamária, sensibilidade mamária, menstruação irregular | dismenorréia, cistos ovarianos | corrimento genital, desconforto vulvovaginal, galactorréia, hipertrofia das mamas, prurido genital |
| Distúrbios gerais e condições no local de administração | Dor no local do implante, reação no local do implante, fadiga, sintomas de gripe, dor | pirexia, edema | |
| Distúrbios músculo esqueléticos e do tecido conectivo | Dor nas costas, artralgia, mialgia, dor musculoesquelética | ||
| Investigações | Peso aumentado | Peso reduzido | |