A utilização de vancomicina com colistina, estreptomicina, neomicina, canamicina, tobramicina, gentamicina, amicacina, anfotericina B, bacitracina, cisplatina, paramomicina, polimixina b, ciclosporina, ácido etacrínico, furosemida, bumetanida, capreomicina, estreptozocina, carmustina, ácido acetilsalicílico ou outro salicilato pode aumentar os riscos de reações tóxicas nos ouvidos e nos rins. Ao utilizar vancomicina com drogas ototóxicas pode ocorrer perda auditiva que pode progredir para surdez, mesmo com a descontinuação da droga, sendo que a perda auditiva pode ser reversível, mas geralmente é permanente.
Nesses casos devem-se efetuar determinações audiométricas. Quando a utilização de vancomicina e aminoglicosídeo for necessária a possibilidade de interação entre eles pode diminuir com uma monitorização apropriada, podendo ser necessário verificações da função renal, da concentração sérica, ajustes de dose ou utilização de outros antibióticos.
Os efeitos da toxicidade auditiva da vancomicina como tinitus, tontura ou vertigem, podem ser mascarados por anti-histamínicos, buclizina, ciclizina, meclizina, fenotiazinas, tioxantenos, trimetobenzamida.
A utilização de vancomicina com agentes anestésicos e vecurônio pode causar hipotensão e aumentar a depressão neuromuscular. A administração da vancomicina numa infusão, de no mínimo 60 minutos de duração, antes da indução da anestesia pode minimizar estas reações.
Em estudos com animais verificou-se que a administração de vancomicina e dexametasona causou uma diminuição da penetração da vancomicina no líquido cérebro-espinal, portanto ao utilizar dexametasona como adjuvante no tratamento de meningites bacterianas recomenda-se que seja administrada antes ou junto à primeira dose de vancomicina.