A vancomicina é indicada no tratamento de infecções graves causadas por cepas sensíveis de estafilococos resistentes à meticilina (betalactâmico resistente). É indicado em pacientes alérgicos à penicilina, em pacientes que não podem receber ou que não responderam ao tratamento com penicilinas ou cefalosporinas, e em infecções graves causadas por outros microrganismos sensíveis à vancomicina, mas resistentes a outras drogas antimicrobianas. A vancomicina é indicada como tratamento inicial quando se suspeita de estafilococo resistente à meticilina ; porém, tão logo os dados de sensibilidade estejam disponíveis, o tratamento deve ser ajustado de acordo. A vancomicina é eficaz no tratamento de endocardite estafilocócica. A sua eficácia tem sido provada em outras infecções devido a estafilococos, inclusive septicemia, infecções ósseas e articulares, infecções do trato respiratório inferior e infecções da pele e anexos. Quando as infecções estafilocócicas são localizadas e purulentas, os antibióticos são usados como auxiliares às medidas cirúrgicas apropriadas. A vancomicina é eficaz isolada ou combinada com um aminoglicosídeo na endocardite causada por S. viridans ou S. bovis. Para endocardite causada por enterococos (E. faecalis), a vancomicina é eficaz somente em combinação com um aminoglicosídeo. A vancomicina é eficaz para o tratamento da endocardite por difteroide. A vancomicina tem sido usada com sucesso em combinação com rifampicina, aminoglicosídeo ou ambos na endocardite precoce em prótese de válvula, causada por S. epidermidis ou por difteroides.