Dados in vitro indicam que CYP3A4 é a principal enzima envolvida no metabolismo do metabólito ativo de ciclesonida M1 em humanos. Em estudos de interação medicamentosa em estado de equilíbrio dinâmico (steady state) com ciclesonida e cetoconazol (que é um potente inibidor de CYP3A4) a exposição ao metabólito ativo M1 aumentou aproximadamente 3,5 vezes, ao passo que a exposição à ciclesonida não foi afetada. Portanto, a administração concomitante com potentes inibidores de CYP3A4 (como cetoconazol, itraconazol, ritonavir ou nelfinavir) deve ser evitada, a não ser que os benefícios sejam superiores ao risco de aumento de efeitos colaterais sistêmicos causados por corticosteroides. O risco de reações adversas graves aos costicosteroides (ex.: síndrome de Cushing) não pode ser excluído.